Fujitsu-szuperszámítógép a rákbetegségek elleni gyógyszer kifejlesztésére
A szuper-számítógépes fürtöt Primergy BX922 S2 pengeszerverek alkotják. A 38,3 teraflop (38,3 billió lebegőpontos művelet másodpercenként) elméleti csúcskapacitású, 300 node-os rendszerrel végrehajtott szimulációk a rákos betegségek kiújulását és az áttétek képződését megelőző, génalapú antitest-gyógyszerek fejlesztését támogatják.
A Tokiói Egyetemen Tatsuhiko Kodama professzor irányításával zajló munka úttörő módon kívánja felhasználni a számítógépes szimulációt a géntérképek készítésében elért eredményeket hasznosító, génalapú antitest-gyógyszerek fejlesztéséhez. A kutatás a klinikai kísérletek lebonyolítására és az új gyógyszerek gyakorlati alkalmazásának elősegítésére is kiterjed.
A gyógyszerkutatás történetében most először használják fel a molekuláris dinamikát mesterséges antitest-gyógyszerek tervezéséhez oly módon, hogy számítógépes úton szimulálják a ráksejt részét képező antigének (fehérjék) és az antitestek (fehérjék) közötti kölcsönhatást. Az RCAST (a Tokiói Egyetem fejlett tudományos-technikai kutatóközpontja) módszertana szerint mintegy tízszer annyi számítást végeznek el, mint az egyszerűbb molekulák és fehérjék kölcsönhatását modellező, hagyományos IT-alapú gyógyszerfejlesztési szimulációknál. Ezért a kutatók olyan szuper-számítógépet kerestek, amely rövid időn belül képes nagy mennyiségű számítást végrehajtani.
Az RCAST arra számít, hogy az új szuperszámítógéppel néhány hónapon belül meg tudja tervezni a mesterséges antitesteket, ami korszakos lépés a régebbi szimulációs módszereknél megszokott, legalább 3-4 éves tervezéshez képest.
Az új szuper-számítógépes fürtöt 300 Primergy BX922 S2 pengeszerver-node alkotja. Mindegyik node két Intel Xeon X5650 processzort tartalmaz, így a teljes rendszer 600 CPU-val, összesen 38,3 teraflop elméleti csúcsteljesítmény elérésére képes. A node-ok közötti kommunikációt irányító interconnect egység 4 GB/mp átviteli sebességre képes InfiniBand QDR hálózati interfésze rendkívül gyors párhuzamos számításokat tesz lehetővé. Adattárolási szempontból a rendszer öt ETERNUS DX80 lemeztömbbel rendelkezik, ami 1 petabájt tényleges RAID6 kapacitás.
